Ценя Иоанна как прекрасного слугу, Алей-Шпур пожелал обратить его в мусульманство. Но кроткий, во всем послушный и исполнительный Иоанн не мог исполнить этого желания своего господина. Ни ласки, ни угрозы не могли поколебать Иоанна. Он смело объявил Алей-Шпуру, что он христианин, и ничто не заставит его переменить свои убеждения. Даже мучения, которым подвергли его, чтобы вынудить отречься от Христа, не достигли цели. При этом он не только с силою защищал христианскую веру, но и обличал ложное учение Магомета. Видя с одной стороны бесцельность своих многочисленных попыток обратить Иоанна в мусульманство, а с другой твердость, с которой мученик открыто исповедывал Христа, разгневанный Алей-Шпур в 1529 году приказал умертвить верно служившего ему Иоанна. Ему связали руки ремнем и вывели за город на близлежащую гору. Там ему должны были отрубить голову. Истязая страдальца, мучители нанесли ему много ран и мечом насквозь прокололи живот. Но удар, который должен был отсечь ему голову, был нанесен неудачно. Страдальцу рассекли только шею, отчего он, обливаясь кровью, упал без чувств. Мучители, считая его мертвым, возвратились в город. В этот день был сильный мороз. Много часов Иоанн пролежал без чувств и только поздним вечером очнулся. Желая прославить Своего мученика, Господь дал ему достаточно сил, чтобы подняться, причем руки его развязались сами собой, и он, осенив себя крестным знамением, поддерживая руками свою голову, направился в город к жившим там боярам великого князя Московского. Придя к боярам уже глубокой ночью, Иоанн рассказал им о том, какие мучения он претерпел от татар. Нанесенные ему раны были смертельны. Предчувствуя близкую кончину, он просил находившегося при боярах священника причастить его Святых Христовых Таин. Причастившись, Иоанн провел остальную часть ночи без сна в молитве и утром при восходе солнца предал свою душу в руки Божии. Благоухание наполнило дом, где находилось тело святого мученика Иоанна. Честное тело святого мученика Иоанна было погребено тайно в лесу, около Казани, на русском кладбище. В 1592 году Иоанн был прославлен в лике святых.
Память мч. Иоанна 6 февраля