Арзамасский Новодевичий Алексия, человека Божия, женский монастырь был основан в 1634 г. по указу царя Михаила Федоровича Романова. Поводом к основанию этой обители послужило рождение в 1629 году наследника престола, в память рождения которого и был посвящен этот монастырь имени его Ангела – преподобного Алексия, человека Божия.
Исполняя царское повеление, князь Шаховской построил две бревенчатые церкви. Кроме церквей были построены колокольня и 30 деревянных келий. Все это было обнесено пластинной оградой, гороженной в столбы.
Царь Михаил Федорович прислал в монастырь две храмовые иконы: икону Казанской Божией Матери и икону небесных покровителей царской семьи – преподобных Михаила Малеина и Алексия человека Божия, писанных на одной доске. После революции 1917 г. иконы бесследно исчезли.
В 1764 году при императрице Екатерине II в России произошло уложение штатов православных монастырей, в результате чего Алексеевский Новодевичий монастырь был упразднен. Настоятельница с монахинями были переведены в Арзамасский Свято-Николаевский монастырь, часть сестер остались на прежнем месте жительства. Церкви обители стали приходскими.
Восстановителем Алексеевской общины и устроителем ее духовно-иноческой жизни стал великий подвижник иеромонах Федор (Ушаков), строитель и настоятель Санаксарского монастыря. Под его руководством и опекой небольшая община стала быстро расти и благоустраиваться и со временем обрела самостоятельность.
В 1813 году указом Нижегородского епископа Моисея (Близнецова-Платонова) Алексеевская община была учреждена как самостоятельная женская община, независимая от Николаевского монастыря, настоятельницы которой утверждались Нижегородским архиереем.
Сестры Алексеевской общины славились изготовлением плащаниц, облачений и различных церковно-богослужебных вещей, вышитых золотом и серебром.
Одна из настоятельниц обители схим. Олимпиада, в миру Ольга Васильевна Стригалева, была прославлена в лике святых. В настоящее время рака с ее Святыми мощами находится в храме Киевского Свято-Введенского мужского монастыря. Память преподобной Олимпиаде Арзамасской и Киевской празднуется в день ее блаженной кончины 6/19 августа.
К началу XX века в монастыре было три каменных храма: холодный в честь Вознесения Господня, теплый в честь Успения Пресвятой Богородицы и больничный в честь святого преподобного Иоанна Лествичника и святой великомученицы Варвары. При обители существовали странноприимный дом для паломников, две больницы и разные мастерские. На территории обители был устроен каменный колодец с водоподъемной машиной, приводимой в движение лошадиной тягой. Вода из колодца поступала по проложенным по территории общины трубам во все хозяйственные постройки и службы. Обитель была обнесена каменной стеной высотой до 3,5 метров с 5-ю небольшими башнями и 4-мя воротами.
К 1917 году в обители проживало 90 монахинь и 748 послушниц. Алексеевский монастырь являлся одним из самых многолюдных и благоустроенных монастырей в России.
С приходом к власти большевиков монастырские земли и здания стали стихийно захватываться. В 1918 году на территории Алексеевского монастыря разместился артиллерийский дивизион и конно-стрелковый латышский полк.
С 16 апреля 1919 г. по март 1923 г. в стенах Алексеевской обители располагался сыпно-тифозный лазарет, открытый по инициативе Арзамасского уездного исполкома.
В 1920 году сестры, для сохранения обители, объединились в трудовую артель. Их послушанием стало шить одежду для красноармейцев и трудиться в сыпно-тифозном лазарете.
В 1924 г. Алексеевский монастырь был закрыт по распоряжению Нижегородского губисполкома.
В сентябре 1925 г. церковь Успения Богородицы была передана под военные склады. Здание храма сохранилось до нашего времени. В Вознесенском храме сначала хранилось имущество ликвидируемых церквей. Впоследствии храм был разрушен.
В годы Великой Отечественной войны на территории бывшего Алексеевского монастыря была организована воинская часть, существующую до настоящего времени.
С 2011 года по благословению митрополита Нижегородского и Арзамасского Георгия сестрами Дивеевского подворья в Арзамасе на территории воинской части каждый месяц в течение пяти лет совершался молебен.
24 сентября 2015 года решением митрополита Нижегородского и Арзамасского было положено начало возрождения Алексеевской обители. Настоятельницей Архиерейского подворья возрождающегося Арзамасского Новодевичьего во имя Алексия, человека Божия, монастыря была назначена монахиня Феогноста (Гончарова Ирина Михайловна), насельница Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского женского монастыря.
В 2016 г. произошла передача здания бывшей богадельни и переход сестер в стены старинной обители. Для участия в богослужениях сестры ходят в приходской храм Святого Духа.
Написанная в 2018 году по благословению владыки икона преподобной Олимпиады Арзамасской и Киевской с частицей святых мощей, подаренной настоятельницей Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского монастыря игуменьей Сергией (Конковой), находится в храме Святого Духа. Праздник в честь прп. Олимпиады стал традицией для возрождающейся обители.
В 2018 году воинской частью Арзамаса были возвращены здание двухэтажного деревянного корпуса и Успенский храм, в котором находилась столовая для военнослужащих. Оба здания требуют больших восстановительных работ.
27 июня 2018 г. в главном пределе храма в честь Успения Пресвятой Богородицы была совершена первая почти за 100 лет Божественная литургия. Богослужение возглавил благочинный округа города Арзамаса Нижегородской епархии протоиерей Игорь Медведев.
В настоящее время Архиерейское подворье возрождающейся обители занимается работами по восстановлению Успенского храма и ждет дальнейшей передачи зданий, ранее принадлежавших Алексеевскому монастырю.