Архиепископ Нектарий родился 30 ноября 1819 года в городе Моршанске Тамбовской губернии, в семье диакона Самуила Ивановича Надеждина, и в крещении наречен был Николаем. Окончив в 1839 году курс обучения в Тамбовской духовной семинарии, поступил в Киевскую духовную академию и, будучи еще студентом, 22 октября 1842 года пострижен в монашество, с наречением имени Нектарий. 25 декабря того же года рукоположен в иеродиакона. 14 августа 1843 года, по окончании академического курса, рукоположен в иеромонаха и в том же году (31 октября) определен смотрителем Приворотских уездного и приходского училищ и учителем высшего отделения.
25 августа 1844 года получил первую награду: за понесенные труды награжден набедренником, а 31 августа определен строителем Барского Покровского монастыря. 21 сентября 1845 года возведен на степень магистра и получил магистерский крест. В 1846 году, по поручению начальства, обозревал Крутянские духовные училища и в том же году, 20 сентября, возведен в сан игумена. В январе 1847 года, по случаю перемещения Приворотского уездного училища в г. Бар Подольской губернии, переведен ректором и учителем высшего отделения этого училища. 30 октября того же года определен ректором Киево-Софийского духовного училища, а в феврале 1848 года назначен экономом Киево-Софийского митрополитского дома.
С 22 апреля 1849 года Нектарий — инспектор Киевской духовной семинарии, профессор богословия. За ревностное служение в должности эконома митрополитского дома изъявлена ему архипастырская признательность.
19 ноября 1850 года Нектарий возведен в сан архимандрита. С 5 сентября того же года по 11 апреля 1853 года состоял членом временного строительного комитета, учрежденного для поправок и переделок зданий Киевской духовной семинарии. В 1851 году утвержден в должности ректора и профессора богословия в Киевской духовной семинарии, в том же году назначен членом Киевской духовной консистории и членом временного комитета, созданного для церковно-исторического и статистического описания Киевской епархии.
31 мая 1851 года архимандрит Нектарий определен настоятелем второклассного Киево-Пустынского Николаевского монастыря, а 31 августа — членом Киевского комитета цензуры духовных книг и членом Академической конференции и внешнего окружного Академического Правления. В 1854 году сопричислен к ордену св. Анны 2-й степени «за отлично-усердную службу». В том же году, с 8 по 15 июля, обозревал Черниговскую духовную семинарию. В течение 1856 года состоял на чреде священнослужения в С.-Петербурге. 26 августа Всемилостивейше сопричислен к ордену св. Анны 2-й степени с короной и получил темно-бронзовый крест на Владимирской ленте в память войны 1853-56 гг.
19 ноября 1856 года Нектарий перемещен в Новгородскую духовную семинарию — ректором и профессором богословских наук, а также настоятелем второклассного Антониева монастыря. Одновременно определен членом Новгородской духовной консистории. 24 декабря того же года назначен благочинным шести монастырей Новгородской епархии и цензором проповедей.
17 марта 1856 года перемещен ректором и профессором богословских наук в С.-Петербургскую духовную семинарию, с предоставлением ему лично степени настоятеля второклассного монастыря, 30 апреля того же года назначен членом Конференции и внешнего правления С.-Петербургской духовной академии, 20 мая — членом Комитета для составления статистического описания С.-Петербургской епархии, 28 мая — членом С.-Петербургского духовного цензурного комитета, 17 июля — членом Комитета для рассмотрения переводов богослужебных книг на татарский язык, а 26 октября — помощником главного наблюдателя за преподаванием Закона Божия, логики и психологии в С.-Петербургском Императорском университете, Главном педагогическом институте и училище правоведения.
1 января 1858 года Нектарий назначен редактором по изданию журнала «Духовная беседа». 14 апреля того же года он сопричислен к ордену св. Владимира 3-й степени за отличную службу. 19 января 1859 года за труды по просмотру корректурных листов Нового Завета на славянском языке преподано ему благословение Святейшего Синода. 17 февраля, в ознаменование пятидесятилетнего юбилея С.-Петербургской духовной академии, за усердную службу в академической конференции Нектарий удостоен Монаршего Его Императорского Величества благоволения. 17 мая определен ректором С.-Петербургской духовной академии, назначен главным блюстителем по преподаванию Закона Божия во всех светских учебных заведениях столицы и ее окрестностей и получил бронзовую светлую медаль на Андреевской ленте в память войны 1853-56 гг.
5 сентября 1859 года Нектарий наречен, а 13-го хиротонисан в епископа Выборгского, викария Санкт-Петербургской епархии.
На Нижегородскую кафедру Преосвященный Нектарий был утвержден 29 сентября 1860 года: Всемилостивейше повелено ему быть епископом Нижегородским и Арзамасским. При прощании со студентами С.-Петербургской академии, при отъезде в Нижегородскую епархию, ему поднесена была воспитанниками на память, из собственных их скромных средств, драгоценная панагия. 26 октября 1860 года, со вступлением в управление Нижегородской епархией, Преосвященный принял на себя обязанность Почетного члена Нижегородского попечительства о детских приютах.
В течение девяти лет Преосвященный Нектарий служил во благо Нижегородской епархии. 7 сентября 1864 год за пастырскую заботливость об увеличении свечного дохода объявлена ему признательность Святейшего Синода. 4 апреля 1865 года он удостоен ордена св. Анны 1-й степени — «за усердное и полезное Церкви служение, одушевленное ревностью к духовному просвещению и к благоустроению епархии». В июле того же года, по Высочайшему повелению, Преосвященный вызван в С.-Петербург для присутствия в Святейшем Синоде, где и находился до середины 1869 года.
14 мая 1867 года Преосвященный Нектарий, епископ Нижегородский и Арзамасский, возведен в сан архиепископа — именным Высочайшим указом «за отлично-усердное служение, пастырскую попечительность о благоустройстве епархии и состоящих в ней духовно-учебных учреждений, преимущественно же за понесенные труды при составлении проектов устава духовных семинарий и училищ».
21 января 1869 года Высокопреосвященный Нектарий утвержден архиепископом Харьковским и Ахтырским, на Харьковскую кафедру прибыл 21 июня. В том же 1869 году архиепископ Нектарий удостоен Монаршей милости — Высочайшей грамоты за собственноручной подписью Государя Императора, и сопричислен также к ордену св. Владимира 2-й степени большого Креста. 26 апреля 1870 года за пожертвование в пользу Киевской духовной академии и по случаю пятидесятилетия со дня ее преобразования Высокопреосвященному Нектарию объявлена признательность от Святейшего Синода.
В 1872 году указом Святейшего Синода поручено ему было произвести ревизию по всем частям Курского епархиального управления. В 1873 году он вновь удостоен награды — сопричислен к ордену св. благоверного великого князя Александра Невского: «за достойное служение Церкви, неутомимую деятельность на пользу паствы, отеческое участие ко всем нуждам, примерную попечительность о благосостоянии местных духовных училищ». 24 августа 1873 года архиепископ Нектарий удостоился встретить прибывшего в Харьков Его Величество Государя Императора Александра Николаевича.
7 сентября 1873 года Владыка Нектарий почувствовал серьезное ухудшение состояния своего здоровья и подписал краткое духовное завещание, по которому вещи, библиотеку и рукописи отказал своему родному брату — чиновнику Василию Самуиловичу Надеждину. Ризницу же завещал: половину — Харьковской архиерейской кафедре и половину — Куряжскому Преображенскому монастырю. Владыка Нектарий скончался на 54-м году своей жизни, 12 сентября 1873 года был отпет по чиноположению и погребен в архиерейской усыпальнице Покровского монастыря.
Из книги «Святители земли Нижегородской». Авторы-составители: архимандрит Тихон (Затекин) и О. В. Дегтева. Нижний Новгород, 2003 год.